学校有35个国家级、省级“质量工程”项目，包括特色专业、精品课程、人才培养模式创新实验区、教学团队、实验教学示范中心、双语教学示范课程等；有97个国家级、省级“本科教学工程”项目；有10个省级重点学科；8个高职高专省级示范专业；并设立了“流域管理与生态保护”博士后科研工作站。

    学校建有庐山文化研究中心、鄱阳湖生态经济研究中心、沿江产业开发研究中心、社会系统学研究中心、昌九一体双核发展研究中心、公共外交研究中心、国际农村医学教育研究中心、数控技术研究所等31个科研机构。学校大力推进“山江湖”学科建设工程，紧密围绕以庐山为地标的中华优秀传统文化、九江沿江工业园及产业开发、鄱阳湖生态经济区建设，形成了明显的优势和特色，产出了一批优秀研究成果。近年来，学校不断加强内涵建设，开展卓越工程师培养、卓越医生培养、科技协同创新，服务地方经济社会发展。